1966年5月11日，按照长春市委指示，决定由党委书记靳锡九、院长何克、宣传部副部长徐振起等3人组成吉林工学院文化革命领导小组，领导学院的“文化大革命”运动。（详见《长春工业大学校史》）
1970年6月10日，吉林省革委会下发了《关于吉林工学院、吉林工业大学合并的通知》，校名仍用吉林工业大学。1970年7月2日，吉林工学院与吉林工业大学正式合并，迁入吉林工业大学校址。
吉林省革委会对吉林工学院所作的这项决定，名曰“两校合并”，实质上是砍掉吉林工学院，并入吉林工业大学。学院合并后，整个校园、房舍全部被中共吉林省委党校、吉林省社会科学院、南湖宾馆、长春第二机床厂等单位占用；所有教学实验仪器设备和生活用品，分别移交给吉林工业大学或无偿地赠送给其他单位；绝大部分干部和教师已去农村插队落户，并有相当一部分干部和教师在“文革”和插队过程中流失外地，离开了学校。1968年学院有教职员工872人，另外二机床还有476人。1978年复院时，从吉林工业大学回到学院的仅有468人，此间有400多名教师和干部离开了学校。
吉林工学院，从1952年建校起，历经18年的建设与发展，到1970年6月与吉林工业大学合并前，学院已发展成为一所具有较大规模、师资力量比较雄厚、设备条件比较齐全、积累了不少办学经验的吉林省省属唯一的一所高等工科院校。建院初期，学院占地面积为52万平方米，建筑面积11.5万平方米。经过18年的建设与发展，学院曾开办各类专业13个，教职工达1000多人（其中教师430多人），本科学生最多曾达到2996人。到1970年6月合并前的18年中，学院已为国家培养出各类专业的本科毕业生3767人、专科毕业生265人，中专毕业生3423人、技工班毕业生4133人，还轮训了各级各类在职领导干部和各种专业人才2420人，他们分布吉林省内外的汽车、机械、农机、电子、采矿、冶金、轻化工等行业的设计、生产和科研等部门，在我国国民经济恢复和大规模建设中发挥了骨干作用。但是，这样一所经过18年建设和发展起来的培养高级专业人才的重要基地，遭到彻底破坏，是吉林省教育事业的一大损失。
